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Maria Manuela Ligeti Carneiro da Cunha nasceu em Cascais, Portugal, em 16 de julho de 1943, e mudou-se com sua família para São Paulo aos onze anos. Formou-se em matemática pura na Faculté des Sciences, Paris, em 1967, e em seguida participou durante três anos dos seminários de Claude Lévi-Strauss.

De volta ao Brasil em 1970, ingressou na pós-graduação em antropologia social da Unicamp, instituição na qual lecionou de 1972 a 1984. Em 1975, na Nigéria, iniciou uma pesquisa sobre os descendentes de escravos libertos que foram do Brasil para a África Ocidental.

A partir de 1978 engajou-se na defesa dos direitos dos índios no Brasil. Foi cofundadora e primeira presidente da Comissão Pró-Índio de São Paulo, de 1979 a 1981. Como presidente da Associação Brasileira de Antropologia (ABA) de 1986 a 1988, levou essa instituição a desempenhar um papel fundamental no desenho e na aprovação do capítulo sobre os direitos dos índios na Constituição de 1988.

Docente do Departamento de Antropologia Social da USP desde 1984, fundou em 1990 o Núcleo de História Indígena e do Indigenismo (NHII). A partir da década de 1990, dedicou-se aos conhecimentos e questões de direitos intelectuais de povos tradicionais. Atualmente realiza estudos sobre os mecanismos sociais responsáveis pela agrobiodiversidade no médio Rio Negro e dirige um projeto de pesquisa sobre os efeitos dos direitos intelectuais sobre as populações tradicionais e seus sistemas de conhecimentos.

Professora titular de antropologia da USP, se tornou “full professor” no Departamento de Antropologia da Universidade de Chicago, onde lecionou até 2009. Foi também professora visitante em várias universidades e fellow do Center for Advanced Studies in Behavioral Sciences. Foi membro do Conselho Deliberativo do CNPQ e membro do IAG, o órgão independente de especialistas que monitorou o Programa de Florestas Tropicais financiado pelo PPG-7.

Recebeu, entre outros, o Prêmio Érico Vanucci Mendes em 1992, a Médaille de Vermeil, da Academia Francesa (1993), a Ordem do Mérito Científico (2002) e, em 2007, em conjunto com Mauro W. B. de Almeida, o Prêmio Chico Mendes do Acre. Desde 2002, é membro da Academia Brasileira de Ciências.